W dniu 04 października 2003 roku w sali Miejskiego Ośrodka Sportu i Rekreacji w Wałczu odbyło się spotkanie z Prezesem Polskiego Związku Karate Wacławem Antoniakiem na którym przedyskutowano możliwości przystąpienia do Polskiego Związku Karate, ale przy zachowaniu odrębności w zakresie uprawianej dyscypliny, czyli karate tradycyjnego szkoły Shotokan. W spotkaniu wzięli udział reprezentanci klubów z Tczewa, Peplina, Chojnic, Poznania, Krzyża Wlkp., Ostrowa, Tucholi i Wałcza. Na spotkaniu postanowiono, że kluby które wstąpią do PZK utworzą w ramach Komisji Karate Shotokan nową podkomisję. Jeżeli podkomisja będzie się rozrastać i osiągnie 15 klubów członkowskich będzie mogła zostać przekształcona w Komisję a po uzyskaniu 20 klubów członkowkich otrzyma od Zarządu PZK prawo organizacji włąsnych Mistrzostw Polski.

Ostatecznie do Polskiego Związku Karate wprowadzono 11 klubów dla których stworzono Podkomisję Karate Tradycyjnego Shotokan PZK oraz wszelkie stosowne regulaminy. W dniu 29 listopada 2003 roku w Wałczu odbyło się zebranie założycielskie nowej organizacji karate, która przyjęła nazwę Podkomisja Karate Tradycyjnego Shotokan PZK. Tak, więc w ramach Polskiego Związku Karate zrzeszone kluby te działały jako ciało regulaminowe a poza PZK działały w nowym związku sportowym co dawało większe możliwości działalnia (NIP, konto, księgowość,itp.) oraz było swoistym wentylem bezpieczeństwa na wypadek zmiany stanowiska PZK w uzgodnionych sprawach.

Podkomisja szybko zaczęła się rozrastać. W jej szeregi wstąpiły kolejne kluby z Gdynii, Rawicza, Łodzi i Brodnicy. Nawiązano kontakty z Januszem Knapczykiem /6 Dan/, studentem Sensei Taiji Kase a później Sensei Hiroshi Shirai. Zorganizowano liczne turnieje sportowe oraz szkolenia. W 2004 roku zorganizowano I Puchar Polski Karate Tradycyjnego Shotokan w ramach Polskiego Związku Karate i znowu, jak poprzednio za czasów Fudokan, działalność Zbigniewa Ruty stała się przysłowiową solą w oku Włodzimierza Kwiecińskiego.

W dniu 26.04.2008 roku na spotkaniu trenererów klubów członkowskich w Krzyżu Wlkp. podjęto decyzję o zaprzestaniu działalności ciała regulaminowego Podkomisja Karate Tradycyjnego Shotokan PZK. Sprawę przynależności do PZKarate pozostawiono indywidualnym preferencjom klubów.  Ze współpracy z PZK zrezygnowało 12 klubów natomiast 3 zachowały członkostwo i postanowiły dalej działać w Polskim Związku Karate (Rawicz, Ostrzeszów, Gdynia).